Mais le châtiment non physique reste indispensable. Ses limites doivent être méditées et définies avec précision. « Il y a, pour un instituteur soucieux de ses devoirs, écrit Frollo, un "art de punir". »
« Punir est plus difficile que récompenser [...]. Est bonne toute punition qui a pour effet d'améliorer l'enfant, est mauvaise toute punition qui produit un effet contraire ou qui ne produit pas d'effet. Il suit de là que l'éducateur ne doit pas se borner à infliger la punition, même choisie avec réflexion, mais en suivre attentivement les effets, en observer les conséquences. »
La question renvoie à une problématique plus large : qu'est-ce qu'une bonne éducation pour un jeune Français de la fin du XIXe siècle ? Si les journaux républicains s'opposent généralement avec fermeté aux punitions physiques, les publications conservatrices jugent que les nouvelles tendances en la matière font plus de mal que de bien. Ainsi de ce chroniqueur de La Croix qui se plaint en 1889 de ce que « l'impertinence soit à la mode » parmi la jeunesse. Si celle-ci ne respecte plus ses aînés, c'est la faute aux mœurs de l'époque, trop laxistes :
« Que voulez-vous : dans la jeunesse, jamais de correction, toujours des encouragements à jouir de la vie. "Profite, mon enfant, profite, disait une bonne femme à son enfant, tu auras le temps de souffrir plus tard." Ce fils, à force de profiter, à fini par être condamné pour vol. Aimer de cette manière, c’est haïr. Aimer les défauts et les nourrir, c’est aimer la maladie du malade ; ce qui revient à haïr le malade, et cela s’appelle amour et tendresse ! »